Ingeniero de Software EPI-FLARE

ISGlobal busca un Software Engineer para implementar y mantener una plataforma de episignaturas (EPIFLARE - Diagnosis of rare neurodevelopmental disorders using integrated epigenomics within a secure federated learning framework). Nuestro objetivo es consolidar, optimizar y validar clínicamente una plataforma que preserve la privacidad y mejore el diagnóstico de trastornos neurodesarrollados y raros.

El candidato se unirá al Bioinformatics Research Group in Epidemiology (BRGE), dirigido por el Dr. Juan Ramón Gonzalez, dentro del programa de investigación Environment and Health over the Lifecourse. El grupo desarrolla métodos reproducibles y seguros para analizar datos clínicos y ómicos sensibles en entornos multidisciplinares.

EPI-FLARE permite el acceso federado a datos clínicos y epigenómicos alojados en los hospitales participantes. Su arquitectura combina Opal y DataSHIELD con la infraestructura dsHPC, una API de gestión de solicitudes, ejecución basada en Slurm en entornos R y Python, almacenamiento en caché de resultados, pistas de auditoría, visualización segura en R Shiny y un panel de administración basado en web. Solo los resultados no divulgativos salen de cada institución.

El Software Engineer optimizará los pipelines analíticos para epimutaciones, episignaturas, variantes de número de copias (CNVs) y edad epigenética del desarrollo; adaptará y asegurará la plataforma para su despliegue hospitalario; y apoyará la validación clínica y las pruebas de usabilidad. El rol es fundamental para la fiabilidad, escalabilidad, cumplimiento del RGPD y sostenibilidad a largo plazo de la plataforma.

• Implementar y mantener la plataforma EPI-FLARE en los WP 1-3 bajo la supervisión de David Sarrat y el Investigador Principal.

• Garantizar la fiabilidad, escalabilidad, reproducibilidad, interoperabilidad, seguridad, el cumplimiento del RGPD y la sostenibilidad a largo plazo de la plataforma.

• Coordinar el desarrollo de software con bioinformáticos, científicos de datos, clínicos y equipos de TI hospitalarios.

• Apoyar el despliegue hospitalario, la validación clínica, las pruebas de usabilidad, la documentación y la mejora continua de la plataforma.

• Optimizar y mantener los pipelines analíticos para la curación de datos, el análisis de epimutaciones y episignaturas, la detección de variantes de número de copias (CNV) y la edad epigenética del desarrollo (WP1, Tareas 1.2-1.4).

• Desarrollar y mantener flujos de trabajo de análisis federado y entrenamiento de modelos basados en Opal, DataSHIELD y dsHPC, incluyendo APIs de solicitud, orquestación de trabajos, entornos de ejecución R/Python, almacenamiento en caché y gestión de resultados no divulgativos.

• Adaptar y asegurar la plataforma para su despliegue en infraestructuras hospitalarias, implementando la autenticación, el control de acceso, el cifrado, el registro de pistas de auditoría, la monitorización y los flujos de datos conformes al RGPD adecuados (WP2, Tarea 2.1).

• Desarrollar y mejorar interfaces de usuario seguras en R Shiny y herramientas de administración basadas en web para la ejecución de flujos de trabajo, visualización de resultados, recursos del sistema, colas de trabajos y registros.

  Apoyar las pruebas automatizadas, el control de versiones, el benchmarking, la documentación, el despliegue y el mantenimiento para garantizar lanzamientos reproducibles y sostenibles.

• Apoyar la validación clínica y las pruebas de usabilidad con las instituciones asociadas, resolver problemas técnicos e incorporar los comentarios de los profesionales sanitarios (WP3, Tareas 3.1-3.3).

• Colaborar con desarrolladores de software, bioinformáticos, científicos de datos, clínicos y expertos en la materia para validar las herramientas y facilitar su adopción en entornos clínicos reales.

Esta descripción del puesto refleja los requisitos actuales del mismo, pero puede evolucionar en cualquier momento en el futuro a medida que las funciones y responsabilidades cambien y/o se desarrollen, siempre que se realice la consulta adecuada con el titular del puesto.

Esta descripción del puesto no es una lista definitiva o exhaustiva de responsabilidades, sino que identifica las responsabilidades y tareas clave del titular del puesto. Los objetivos específicos del titular del puesto estarán sujetos a revisión como parte del proceso de evaluación profesional individual.

ISGlobal is seeking a Software Engineer to implement and maintain a platform for episignatures (EPIFLARE - Diagnosis of rare neurodevelopmental disorders using integrated epigenomics within a secure federated learning framework). We aim to consolidate, optimize and clinically validate a privacy-preserving platform that improves the diagnosis of neurodevelopmental and rare disorders.

The candidate will join the Bioinformatics Research Group in Epidemiology (BRGE), led by Dr Juan Ramón Gonzalez, within the Environment and Health over the Lifecourse research programme. The group develops reproducible, secure methods for analysing sensitive clinical and omics data in multidisciplinary settings.

EPI-FLARE enables federated access to clinical and epigenomic data held at participating hospitals. Its architecture combines Opal and DataSHIELD with the dsHPC infrastructure, a request-handling API, Slurm-based execution in R and Python environments, result caching, audit trails, secure R Shiny visualization and a web-based administration panel. Only non-disclosive outputs leave each institution.

The Software Engineer will optimize analytical pipelines for epimutations, episignatures, copy-number variants (CNVs) and developmental epigenetic age; adapt and secure the platform for hospital deployment; and support clinical validation and usability testing. The role is central to the platform's reliability, scalability, GDPR compliance and long-term sustainability.

• Implement and maintain the EPI-FLARE platform across WPs 1-3 under the supervision of David Sarrat and the Principal Investigator.

• Ensure platform reliability, scalability, reproducibility, interoperability, security, GDPR compliance and long-term sustainability.

• Coordinate software development with bioinformaticians, data scientists, clinicians and hospital IT teams.

• Support hospital deployment, clinical validation, usability testing, documentation and continuous platform improvement.

• Optimize and maintain analytical pipelines for data curation, epimutation and episignature analysis, copy-number variant (CNV) detection, and developmental epigenetic age (WP1, Tasks 1.2-1.4).

• Develop and maintain federated analysis and model-training workflows built on Opal, DataSHIELD and dsHPC, including request APIs, job orchestration, R/Python execution environments, caching and non-disclosive result handling.

• Adapt and secure the platform for deployment in hospital infrastructure, implementing appropriate authentication, access control, encryption, audit-trail logging, monitoring and GDPR-compliant data flows (WP2, Task 2.1).

• Develop and improve secure R Shiny/user interfaces and web-based administration tools for workflow execution, result visualization, system resources, job queues and logs.

  Support automated testing, version control, benchmarking, documentation, deployment and maintenance to ensure reproducible and sustainable releases.

• Support clinical validation and usability testing with partner institutions, resolve technical issues and incorporate feedback from healthcare professionals (WP3, Tasks 3.1-3.3).

• Collaborate with software developers, bioinformaticians, data scientists, clinicians and domain experts to validate the tools and facilitate adoption in real-world clinical settings.

This job description reflects the present requirements of the post but may evolve at any time in the future as duties and responsibilities change and/or develop providing there is appropriate consultation with the post-holder.

This job description is not a definitive or exhaustive list of responsibilities but identifies the key responsibilities and tasks of the post holder. The specific objectives of the post holder will be subject to review as part of the individual professional assessment process.